下载蛋白质，去除水分子，加H，去除配体，去除副链

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import pymol

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# 使用 fetch 指令获取蛋白质结构，这里以 4FAA 为例
pdb_id = '4FAA'
pymol.cmd.fetch(pdb_id)

# 去除水分子
pymol.cmd.remove('solvent')

# 加 H（氢原子）
pymol.cmd.h_add()

# 选择配体（这里假设配体残基名为 NAG）
pymol.cmd.select('ligand', 'resn NAG')

# 去除配体
pymol.cmd.remove('ligand')

# 显示链 A 的信息
pymol.cmd.iterate('chain A', 'print(resi, resn)')

# 去除副链（只保留主链）
pymol.cmd.remove('sidechain')

# 导出结果为 PDB 文件
output_file = f'{pdb_id}.pymol.pdb'
pymol.cmd.save(output_file)

# 退出 PyMOL
pymol.cmd.quit()